Практическая работа №1. Молекулярные визуализаторы и молекулярные конструкторы. Построение молекулярных структур. Цель
жүктеу/скачать 338,08 Kb. Pdf көрінісі
|
Практическая работа №1. Молекулярные визуализаторы и конструкторы. Построение молекулярных структур
Васин В.А., Калмыков В.В. Радиосистемы передачи информации (2005)
| ChemCraft
– коммерческий визуализатор, позволяющий редактировать молекулярные структуры и генерировать XYZ-координаты и Z-матрицы, а также генерировать входные файлы программ GAMESS и MOLPRO. Имеет большое количество полезных средств визуализации не только структур, но и молекулярных поверхностей, орбиталей, уровней энергии, анимации молекулярных колебаний, средства создания высококачественных иллюстраций в формате JPEG. Имеется версия для Windows и Linux, а также пробная бесплатная версия и бесплатная версия Chemcraft-Light. Платная версия значительно дешевле аналогов. Сайт http://www.chemcraftprog.com/ GaussView – коммерческий конструктор и визуализатор, ориентированный на работу с программой Gaussian. Позволяет редактировать структуры в экранном режиме, генерировать координаты и входные файлы Gaussian в различных форматах, а также сразу же запускать квантовохимические расчеты для построенных структуру, вызывая программу Gaussian, и анализировать результаты расчета, читая выходные файлы. Имеет большое число средств анализа квантовохимических результатов, включая анимацию, изображение орбиталей и других молекулярных поверхностей. Сайт https://gaussian.com/ . Moltran – бесплатный визуализатор результатов квантовохимических расчетов для Windows с возможностью создания и редактирования структур, разработанный на химическом факультете ННГУ. Позволяет читать и визуализировать выходные файлы различных квантовохимических программ, в т.ч. Gaussian, GAMESS, NWChem, Priroda, CFOUR, DFTB, MOPAC. Кроме визуализации и редактирования позволяет проводить термодинамические расчеты при различных условиях на основе данных квантовохимического расчета с учетом вкладов внутренних вращений, визуализировать молекулярные колебания, генерировать Z-матрицы и координаты, корректированные на величины колебательных векторов. Сайт: http://www.qchem.unn.ru/moltran/ . Jmol - программа для просмотра трехмерных структур. Jmol используется как для учебных целей, так и при проведении научных исследований в области молекулярной биологии, химии и биохимии. Программа является свободной и открытой. Она написана на языке Java и потому является кроссплатформенной. Существует как отдельная программа, так и средства для интеграции в другое Java-приложение. Чаще всего программа используется как аплет, встраиваемый в веб-страницу. Программа позволяет строить изображения молекул несколькими способами. Jmol поддерживает большое количество форматов файлов, включая Protein Data Bank (pdb), Crystallographic Information File (cif), MDL Molfile (mol), Chemical Markup Language (CML), Chemical File Format (XYZ). Сайт: https://jmol.sourceforge.net/ жүктеу/скачать 338,08 Kb. Достарыңызбен бөлісу:
|