Қорғалжын мемлекеттік табиғи қорығының тарихы Таңғажайып табиғаты мен көне тарихы және ұлттық мәдениеті ұштасып жатқан қазақ даласының, оның ішінде Арқа жерінің алқасы секілді аймақтың бірі – Қорғалжын-Теңіз өңірі. Осы өңірдің табиғатын сақтап қалу үшін ерекше қорғалатын табиғи аумақ құру жайлы ойлар ертеден туындаған. Қорғалжын қорығының тарихы Қазақстанның солтүстігі мен орталық аймағында жаппай тың игеру жұмыстары жүргізіліп жатқан мезгілде бастау алған. Жаппай тың игеруден даланың табиғаты ерекше кейбір аймақтарын тез арада сақтап қалу қажеттілігі туындағандықтан, 1957 жылы Қазақ ССР Ғылым академиясы КСРО Ғылым академиясының қолдауымен Теңіз-Қорғалжын көлдерінің жүйесі негізінде табиғи қорық құруға ұсыныс жасайды. Сол жылы Ақмола облысы атқару комитетінің шешімі бойынша Теңіз көлі бес жыл мерзімге аңшылық шаруашылығы болып жарияланды.
