Асқазан-ішек жолында бактериялар белсенді түрде өмір сүреді. Сонымен бірге колониялар анық қабат құрып өседі.Қышқылды орталы асқазанда және ішектің үстіңгі бөлігінде микроорганизмдер саны 1 мл-де 1000-нан аспайды, көбінесе лактобациллалар, энтерококтар,ашытқылар, бифидобактериялар, E.coli болады.
Микроорганизмдердің көпшілігі тоқ ішекте жиналады.1 грам нәжісте 102 микроб жасушасы болады.Барлық микробтардың 95% -ын анаэробты бактериялар құрайды.Тоқ ішек микрофлорасының негізгі өкілдеріне жатады: грам оң анаэробты таяқшалар, грам оң спора түзетін анаэробты таяқшалар,анаэробты грам оң коктар.Эпителиде спирахеталар жақсы өседі.Қарапайымдар мөлшері нормада қоршаған орта факторларының әсері мен ем-дәмге байланысты өзгеріп отырады.Нәрестелерде ана сүтімен берілетін лактоферрин тежеуші әсер береді
