Сканерлейтін электронды микроскоп сонымен қатар визуализацияға жету үшін үлгідегі электрондардың соқтығысуына сүйенеді., бірақ бұл жағдайда бөлшектер бір мезгілде бүкіл үлгіге әсер етпейді, керісінше әр түрлі нүктелер арқылы өтеді. Бұл сканерлеу сияқты. Сканерлейтін электронды микроскопта кескін үлгіден өткеннен кейін фотопластинкаға әсер ететін электрондардан алынбайды. Бұл жағдайда оның жұмысы электрондардың қасиеттеріне негізделген, олар үлгіге әсер еткеннен кейін өзгерістерге ұшырайды: олардың бастапқы энергиясының бір бөлігі рентгенге немесе жылу шығаруға айналады. Бұл өзгерістерді өлшеу арқылы үлгіні үлкейтілген реконструкциялау үшін карта сияқты барлық қажетті ақпаратты алуға болады.
