Тыныс алу жүйесi. Шемiршектi балықтар желбезек тесiктерiнiң (саңылау) әрқайсысының аралықтары желбезек перделерiмен бөлiнiп, екiншi ұшы денесiнiң сыртына ашылады. Шемiршектi балықтарда желбезек қақпақтары жоқ. Желбезек саңылауларының алдыңғы және артқы қабырғаларына желбезек жапырақашаларының орналасуы нәтижесiнде желбезектер пайда болады. Желбезек перделерiнiң алдыңғы және артқы қабырғаларында жұқа желбезек жапырақшалары орналасқан, сонда өте көп қантамырлары(орналасқан) болып, газалмасуды тездетедi. Скаттарда желбезек тесiктерi бауыр жағында орналасқан. Желбезектерге су тек брызгальцелер арқылы ғана кiредi. Оларда газалмасу көбiне терi арқылы да болады. Акулаларда жоғарыда айтылған 5-7 желбезек тесiктерiнен басқа, көзiнiң арт жағында жұтқыншақпен жалғасатын екi тесiктi көруге болады. Оларды брызгальцелер деп атайды.
Зәр шығару жүйесi.Денедегi зиянды заттар зәр шығару жүйе арқылы сыртқа шығарылады. Омыртқа жотасының астында лента тәрiздi қызғылт қоңыр түстi созылып жатқан екi бүйрегi бар. Бүйректер арқылы қаннан бөлiнiп шыққан несеп зәр түтiктерi арқылы қуыққа жиналып, одан несеп қуық тесiгi арқылы сыртқа шығады. Мұндай зәр шығару жүйесiн алдыңғы бүйрек немесе пронефрос деп атайды.
Ас қорыту жүйесi.Балықтардың ас қорыту жүйесi үш бөлiмнен тұрады. Алдыңғы, оған ауыз қуысы мен жұтқыншақ, ал жұтқыншақ қысқа өңешке келiп жалғасады; ортаңғы, оған өңеш созылмалы қарынға жалғасады, одан нағыз iшек басталады, iшектiң алдыңғы бөлiмi иiрiлiп барып шумақ шығарады. Lшектiң басталған жерiне тұйық, кейде пилорикалық өсiндiлер пайда болады. Сонымен бiрге бұл бөлiмге асқорыту бездерi – бауыр, бауырында өтi болады және ұйқы безi жатады; артқы, оған денесiнiң арт жағына қарай созылып барып дербес тесiк болып сыртқа ашылатын артқы iшек жатады.
Шемiршектi балықтардың ауыз қуысын қоршап тұратын жақтарында iрi тiстерi болады. Сондықтан шемiршектi балықтардың көпшiлiгi жыртқыштар. Олардың iшектерi, сүйектi балықтармен салыстырғанда қысқа болады, бiрақ тоқ iшегi жуандау iшiнде спиральды қақпақшалары болады. Олар iшектiң iшкi ас қорыту бетiн ұлғайтады. Бауыры үлкен үш бөлiктен тұрады. Шемiршектi балықтардың тамағының құрамына әртүрлi балықтар кiредi. Көпшiлiгi шаянтәрiздiлердi, моллюскаларды, құрттарды және омыртқасыздарды қорек етедi. Ең үлкен китовая акула (ұз.15 м) және гигантская акула (ұз.20 м) мұртты киттер сияқты узымен сүзiп планктонды организмдермен қоректенедi.
